So với Ankoku Ryū, Monshō no Nazo có nhiều điểm dị biệt. Đầu tiên, nhiều loại binh chủng đã trở thành Class chuyên dụng của địch và tên gọi cũng được thay đổi. Monshō no Nazo còn có thêm một số Class mới so với phiên bản trước. Thay đổi lớn nhất ở mặt binh chủng chính là việc kỵ binh không thể cưỡi ngựa chiến đấu trong thành như trước nữa. Thay vào đó, hệ kỵ sĩ sẽ có thêm command xuống và lên ngựa. Khi cưỡi ngựa, các binh chủng này sử dụng giáo, khi bỏ ngựa chỉ dùng được kiếm như bị binh. Hệ giáp trụ hạ cấp (Armour Knight) không thể dùng kiếm như trước mà chỉ trang bị được giáo, thay vào đó là khả năng Class change sang hệ giáp trụ thượng cấp (General). Hệ tăng lữ bị bãi bỏ, thay vào đó là hệ nữ tu (Sister) có cùng chức năng nhưng giờ có thể nhận được điểm exp khi dùng gậy phép hỗ trợ. Long thạch của Mamkut cũng xuất hiện giới hạn số lần sử dụng, không còn vô hạn như trước.